شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه ‌عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز

Authors

  • احمدی, حامد
  • اسلمی نژاد, علی اصغر
  • سیددخت, عاطفه
  • صادقی, بلال
  • مسعودی نژاد, علی
  • نصیری, محمدرضا
Abstract:

MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that have functional roles in post-transcriptional modification. They regulate gene expression by an RNA interfering pathway through cleavage or inhibition of the translation of target mRNA. Numerous miRNAs have been described for their important functions in developmental processes in numerous animals, but there is limited information about sheep and goat miRNAs. Sheep and goat are ideal model organisms for biological and comparative genomics studies in ruminants. Identification of miRNAs is crucial to understanding their biological mechanism. Computational identification approaches can supplement experimental approaches to quickly identify ncRNAs in novel genomes, chiefly miRNAs that are transcribed under particular conditions in specific cell types. Currently, machine learning approaches have been employed to predict novel miRNAs. In this study, we present a new SVM-based classifier. It demonstrated high accuracy, balanced sensitivity and specificity for the miRNA datasets, thus representing an ideal tool for miRNA identification from transcriptome sequencing data. In this research, we generated an optimized feature subset including 20 features using a support vector machine, and we developed a c # program to compute the features in the training sequences. In this study, an intelligent SVM model with RBF kernel and the SMO learning algorithm was the best classifier for predicting microRNA genes in sheep and goat. Sensitivity and specificity of this model were 88% and 85% respectively. Then, expressed sequence tag (EST) analysis was performed for finding sheep and goat mature miRNAs. Chromosome 1 was scanned for finding miRNA potential region. In sheep 23 miRNA genes and, in goat 15 miRNAs had been discovered by homology searching. Our finding demonstrate that the Sheep and goat miRNA sequences can be supplied useful information for investigating biological roles of miRNAs in ruminants.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

نقش RNA های غیرکدکننده طویل در خون‌سازی و بدخیمی‌های خونی

زمینه و هدف: مطالعات متعدد کلاسی از خانواده‌ی RNA های غیرکدکننده‌ی را نشان داده‎اند، تحت عنوان RNA های غیر کدکننده‎ی طویل (long non-coding RNAs-lncRNAs) که دارای نقش‌های مختلفی در زمینه‌ی تمایز سلولی و بیماری‌زایی هستند. شواهد اخیر نشان می‌دهد lncRNA ها در تنظیم خون‌سازی، ازجمله در تمایز رده‌ی میلوئیدی، لنفوئیدی و اریتروئیدی، نقش بسزایی دارند. هدف از نگارش این مقاله مروری بررسی انواع lncRNA های...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

تعیین انتروتوکسین های استافیلوکوکوس ارئوس در شیر گاو، گوسفند، بز و شتر به روش الایزا

انترو توکسین های استافیلوکوکوس ارئوس از مهم ترین عوامل مسمومیت­های غذایی در جهان محسوب می‌شوند و شیر و فرآورده­های آن غالباً در مسمومیت­های استافیلوکوکال نقش دارند. این مطالعه با هدف بررسی حضور انتروتوکسین­های کلاسیک استافیلوکوکوس ارئوس در شیر خام گاو، شتر، گوسفند و بز در استان فارس انجام شد.  به این منظور 84 نمونه شیر شامل شیر گاو (35= n)، شیر شتر (8=n)، شیر گوسفند (20= n) و شیر بز (21=n) از مخ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 8  issue 15

pages  161- 170

publication date 2017-06

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023